総合科学技術会議は、内閣総理大臣を議長として、14人の議員をもって構成することとしています。有識者議員の任期は2年としており、必要に応じて再任できることとなっています。また、2年ごとに全て改選するのではなく、ほぼ半数ごとに改選期が到来するよう任命時期を調整し、議論の継続性を担保しています。有識者議員については、国の科学技術政策をリードする役割の重要性にかんがみ、任命に当たって、事前に国会の同意を得ることが必要となっています。