（1）各種の調査研究等の推進
ア　高齢者に特有の疾病及び健康増進に関する調査研究等
　認知症、悪性新生物（がん）等の高齢期にかかりやすい疾患については、長寿科学総合研究事業等において研究を推進し、特に、悪性新生物（がん）及び心筋梗塞、要介護状態の大きな原因となる脳卒中、認知症及び骨折について、ゲノム科学やタンパク質科学などを用いた治療技術・新薬の研究や自己修復能力を用いた再生医療の実現のための研究など先端科学技術を重点的に振興するほか、これらの基礎研究の成果を臨床に応用していくための研究、これらにより効果的な保健医療技術を確立するための研究等を推進している。また、老化分野、老年病分野のほかに社会科学分野、支援機器等の調査研究を進めた。
　特にがんについては、「対がん10カ年総合戦略」及び「がん克服新10か年戦略」に続く、平成16年度からの新たな10か年の戦略として、「第３次対がん10か年総合戦略」を策定し、これに基づいて、がんのり患率と死亡率の激減を目指して、研究、予防及び医療の総合的な推進に取り組んでいる。
　生活習慣病や慢性疾患については、画期的・独創的な新薬の開発に向けて、創薬等ヒューマンサイエンス総合研究事業等の各研究事業を行っている。また、生活習慣病の克服に資する関連遺伝子の探索や機能解明研究を拡充した。
　アルツハイマー病などの神経変性疾患については、関連遺伝子の探索や機能解明研究、失われた脳機能の回復を目指した研究を推進した。
　また、平成15年４月に、ヒトの遺伝情報であるヒトゲノムの精密解読が完了したことを踏まえ、我が国の強みをいかして、複雑な生命機能の解明や、画期的な創薬の実現につながる成果等が期待されるゲノムネットワーク研究、「第３次対がん10か年総合戦略」に基づくがんに係る基礎研究の成果を着実に新たな治療法につなげる橋渡し研究（トランスレーショナルリサーチ）を推進するとともに、個人個人にあった予防・治療を可能とする医療（テーラーメイド医療）や幹細胞を用いた再生医療の実現に向けた研究開発、タンパク質の構造・機能の解析等を推進した。
　さらに、高齢社会に対応し健康増進に寄与する食品の開発を促進するため、バイオマーカー（酵素や細胞等を使用した簡易な指標）や遺伝子情報等を活用した低コストで効率的な食品機能性の評価技術及び新規健康志向食品の製造技術の開発支援を行う。