2024年6月3日時点で、次世代医療基盤法にご協力いただいている医療情報取扱事業者は、合計122件（医療機関 118件、地方公共団体 ３件、学校設置者 １件）です。
（届出書一覧はこちら）
北海道
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 帯広病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 函館病院 |
| 医療機関 | 日本赤十字社 北見赤十字病院 |
青森県
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 弘前総合医療センター |
| 地方公共団体 | 青森県後期高齢者医療広域連合 |
| 地方公共団体 | 弘前市 |
| 学校設置者 | 国立大学法人 弘前大学 |
宮城県
茨城県
栃木県
群馬県
埼玉県
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 埼玉病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 東埼玉病院 |
| 医療機関 | 社会医療法人 壮幸会 行田総合病院 |
千葉県
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田ＩＶＦクリニック幕張 |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田クリニック |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田総合病院 |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田浜荻クリニック |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田ファミリークリニック館山 |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田リハビリテーション病院 |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田総合病院付属幕張クリニック |
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田ＭＴＧクリニック |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 下志津病院 |
| 医療機関 | 医療法人社団 鼎会 三和病院 |
| 医療機関 | 医療法人社団 鼎会 八柱三和クリニック |
東京都
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田京橋クリニック |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 災害医療センター |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 東京医療センター |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 東京病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 村山医療センター |
| 医療機関 | 国立研究開発法人 国立国際医療研究センター病院 |
神奈川県
| 医療機関 | 医療法人 鉄蕉会 亀田森の里病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 相模原病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 箱根病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 横浜医療センター |
| 地方公共団体 | 逗子市 |
新潟県
石川県
| 医療機関 | 社会医療法人財団 董仙会 恵寿総合病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 医王病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 金沢医療センター |
| 医療機関 | 加賀市医療センター |
福井県
長野県
岐阜県
静岡県
| 医療機関 | 地方独立行政法人 静岡県立病院機構 静岡県立こども病院 |
| 医療機関 | 地方独立行政法人 静岡県立病院機構 静岡県立総合病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 静岡医療センター |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 天竜病院 |
愛知県
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 名古屋医療センター |
| 医療機関 | 日本赤十字社 愛知医療センター名古屋第一病院 |
| 医療機関 | 日本赤十字社 愛知医療センター名古屋第二病院 |
| 医療機関 | 春日井市民病院 |
三重県
滋賀県
| 医療機関 | 日本赤十字社 長浜赤十字病院 |
| 医療機関 | 市立長浜病院 |
京都府
| 医療機関 | 国立大学法人 京都大学医学部附属病院 |
| 医療機関 | 地方独立行政法人 京都市立病院機構 京都市立病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 京都医療センター |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 宇多野病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 南京都病院 |
| 医療機関 | 一般財団法人 日本バプテスト連盟医療団 総合病院 日本バプテスト病院 |
| 医療機関 | 公益社団法人京都保健会 京都民医連中央病院 |
大阪府
| 医療機関 | 学校法人 近畿大学 近畿大学病院 |
| 医療機関 | 公益財団法人 田附興風会 医学研究所 北野病院 |
| 医療機関 | 国立研究開発法人 国立循環器病研究センター |
| 医療機関 | 社会福祉法人 恩賜財団 大阪府済生会野江病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 大阪医療センター |
| 医療機関 | 日本赤十字社 大阪赤十字病院 |
兵庫県
| 医療機関 | 地方独立行政法人 神戸市民病院機構 神戸市立医療センター中央市民病院 |
| 医療機関 | 地方独立行政法人 神戸市民病院機構 神戸市立医療センター西市民病院 |
| 医療機関 | 地方独立行政法人 神戸市民病院機構 神戸市立西神戸医療センター |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 姫路医療センター |
| 医療機関 | 国立大学法人 神戸大学医学部附属病院 |
| 医療機関 | 国立大学法人 神戸大学医学部附属病院 国際がん医療・研究センター |
奈良県
和歌山県
島根県
広島県
山口県
愛媛県
福岡県
佐賀県
長崎県
熊本県
大分県
宮崎県
| 医療機関 | 公益社団法人 宮崎市郡医師会 宮崎市郡医師会病院 |
| 医療機関 | 国立大学法人 宮崎大学医学部附属病院 |
| 医療機関 | 社会医療法人 泉和会 千代田病院 |
| 医療機関 | 独立行政法人 国立病院機構 都城医療センター |
| 医療機関 | 宮崎県立 日南病院 |
| 医療機関 | 宮崎県立 延岡病院 |
| 医療機関 | 宮崎県立 宮崎病院 |
| 医療機関 | 社会医療法人 善仁会 宮崎善仁会病院 |
鹿児島県
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