| タイトル | 主な内容 | 都道府県 | 
| サケのふるさと千歳水族館 | 国内外の水生生物などを中心に幅広く展示、サケ稚魚の放流体験、サケの採卵体験など | 北海道 | 
| 市立室蘭水族館 | 海中の生物の展示 | 北海道 | 
| 小樽水族館 | 魚類の展示、ショー開催 | 北海道 | 
| 稚内市ノシャップ寒流水族館 | 北方系の水棲生物を中心に展示 | 北海道 | 
| 登別マリンパーク二クス | 海洋生物を中心に展示。イルカ・アシカ・魚類のレクチャーも実施 | 北海道 | 
| 標津サーモン科学館 | サケの展示、稚魚の放流、産卵行動観察体験など | 北海道 | 
| 青森県営浅虫水族館 | ホタテ養殖の展示をはじめ、青森県に生息する生物を中心にイルカやアザラシ、ペンギンなど約300種8000点を飼育展示。常設展示「アクア学びうむ」では環境問題やSDGsを学べる。幼児から大人まで水辺の生物について学べる学習コンテンツがある。 | 青森 | 
| 八戸市水産科学館マリエント | 八戸を代表するウミネコやイカ、八戸近海の魚などの生態、習性などを体験しながら学べる観光文化施設。JAMSTECの地球深部探査船「ちきゅう」に関する展示コーナー はちのへ「ちきゅう」情報館がある | 青森 | 
| もぐらんぴあ水族館 | 備蓄基地建設時の作業用坑道を再利用した地下にある水族館。三陸の魚をメインに展示。海女や南部潜りを実演。さかなクンからの魚も展示中。 | 岩手 | 
| 男鹿水族館GAO | 水族館では珍しいホッキョクグマや、秋田県の県魚「ハタハタ」を始めとする約400種10,000点の生き物を展示 | 秋田 | 
| 気仙沼シャークミュージアム・氷の水族館 | シャークミュージアム:サメの生態、震災に関する展示
氷の水族館:-20℃の氷の世界。音と光の演出 | 宮城 | 
| 仙台うみの杜水族館 | 海の生物の展示、ペンギン、オタリアとのふれあい体験 | 宮城 | 
| 鶴岡市立加茂水族館 | 海洋生物の展示、クラゲ学習会の開催・学習用教材の提供、海洋ゴミ問題や漁業・養殖についてのパネル展示 | 山形 | 
| アクアマリンふくしま | 潮目の海をテーマに約800種の生き物を展示。釣り体験など楽しく学べる体験型水族館 | 福島 | 
| アクアワールド茨城県大洗水族館 | 海洋生物の展示、磯観察会やバックヤード見学などの体験プログラムの実施 | 茨城 | 
| 鴨川シ―ワールド | 海の生物の展示・魚類とのふれあい等体験活動の実施 | 千葉 | 
| サンシャイン水族館 | 550種23,000点を展示する水族館。サンゴの再生にも取り組み、学習機会を提供 | 東京 | 
| しながわ水族館 | ペンギン、イルカ、アザラシのほか、東京湾に住む水生生物などを展示 | 東京 | 
| すみだ水族館 | 東京スカイツリータウン内にある都市型水族館。人工海水での水生生物展示。小笠原村と提携したアオウミガメの保全活動。 | 東京 | 
| 葛西臨海水族園 | 世界各地の海洋生物の展示、東京の海に関する展示、移動水族館の実施、トビハゼ等の保全と調査など | 東京 | 
| 新江ノ島水族館 | 深海生物や有人潜水調査船などの展示、ワークショップの実施 | 神奈川 | 
| 横浜・八景島シーパラダイス | 生物の展示、えさやりやふれあい体験の実施、海育 | 神奈川 | 
| 横浜市間門小学校附属水族館 まかどシーマリンパーク | 小学校の約2教室分に飼育されている魚の展示 | 神奈川 | 
| 箱根園水族館 | 海水魚、淡水魚、温泉アザラシの展示 | 神奈川 | 
| 上越市立水族博物館 うみがたり | 海洋生物及び海洋環境をテーマとした特別展の実施 | 新潟 | 
| 新潟市水族館マリンピア日本海 | 日本海側有数の規模を誇る。日替わりの体験プログラムのほか、大水槽・イルカ・ペンギンなどの解説も充実 | 新潟 | 
| 長岡市寺泊水族博物館 | 水生生物探索会(海の生物採集・観察会・ビーチコーミング)、展示生物300種10,000点 | 新潟 | 
| 魚津水族館 | 富山の水生生物の展示、日本で最も歴史のある水族館 | 富山 | 
| のとじま臨海公園水族館 | ジンベエザメなど能登半島周辺に生息・回遊する生物を展示、イルカなどとのふれあい体験の実施 | 石川 | 
| 越前がにミュージアム | かに漁船のシミュレーターなどかにに関する展示 | 福井 | 
| 越前松島水族館 | 水生生物の展示(350種、7,000匹)、餌やり、ふれあい体験、自然の海岸で磯の生物観察会 | 福井 | 
| 伊豆・三津シーパラダイス | 駿河湾の生き物を中心に飼育。自然の入り江を利用した施設内ではイルカやアシカなどがのびのび生活 | 静岡 | 
| 下田海中水族館 | 自然の入り江を利用した珍しい水族館。入り江ではイルカたちが泳ぎ、多くのふれあいイベントが人気 | 静岡 | 
| 沼津港深海水族館 シーラカンス・ミュージアム | シーラカンスの剥製3体と冷凍2体、また深海生物を中心とした展示 | 静岡 | 
| 東海大学海洋学部博物館 海洋科学博物館 | 水族館の要素と科学博物館の要素を合わせ持つ海洋に関する総合博物館。教育支援のための団体専用体験プログラムあり | 静岡 | 
| 蒲郡市竹島水族館 | 三河湾の生き物を中心に、淡水や深海の生き物を展示。特に深海生物は最盛期には100種類を超える展示 | 愛知 | 
| 南知多ビーチランド | 海の生物の展示、ふれあい体験の実施 | 愛知 | 
| 碧南海浜水族館 | 日本沿岸の魚類を中心とした展示、水に関するクイズラリーなど参加型の展示 | 愛知 | 
| 名古屋港水族館 | 海の生物の展示、観察ノートの配布など体験型イベントの実施 | 愛知 | 
| 鳥羽水族館 | 飼育種類数1,200種(日本一)、水生生物の生態展示、セミナー等の教育プログラム。希少生物の種の保全活動や、環境問題の啓発 | 三重 | 
| 京都水族館 | 京都の川の生態系を再現した水槽や、国の特別天然記念物・オオサンショウウオを展示。また、クラゲの給餌や繁殖育成などの飼育作業をオープンスペースで公開し、生態の特徴や成長過程を紹介。 | 京都 | 
| 京都大学白浜水族館 | 白浜周辺の生き物の展示 | 京都 | 
| 海遊館 | 環太平洋火山帯がつくり出した自然環境を再現し、そこに暮らす生物の躍動する姿を展示 | 大阪 | 
| 城崎マリンワールド | 海の生物の展示、生物に興味を持っていただけるようなショー、体験型のアトラクションやツアーを毎日実施 | 兵庫 | 
| 神戸市立須磨海浜水族園 | 海の生物の展示、海での生物収集学習の実施 | 兵庫 | 
| 姫路市立水族館 | 播磨地方の身近な海水、淡水生物の展示 | 兵庫 | 
| すさみ町立エビとカニの水族館 | エビやカニを中心とした甲殻類の展示、実験やクラフト体験の実施 | 和歌山 | 
| 串本海中公園センター | 水族館や海中展望台、海中観光船などでの水生生物の観察 | 和歌山 | 
| とっとり賀露かにっこ館 | ⿃取県を代表する⽔産資源の「松葉がに」をはじめ、タカアシガニなどの様々なカニや⽔⽣⽣物を展⽰する、カニが主役の⼩さな⽔族館です。常設のかにっこクイズやエサやり体験で、海の⽣き物について楽しく学べます。 | 鳥取 | 
| しまね海洋館アクアス | 島根県の水族をはじめ、シロイルカ等の環日本海の生物を中心とした展示。様々な体験的教育プログラムを実施 | 島根 | 
| 玉野海洋博物館 | 船舶の模型と貝の標本などの展示と瀬戸内海の生き物を中心とした水族館をもつ海の博物館 | 岡山 | 
| マリホ水族館 | 生きている水塊をテーマに、水中世界をそのまま切り取ったかのような躍動感あふれる展示が魅力の水族館 | 広島 | 
| 宮島水族館 | スナメリなど、瀬戸内海にすむ海の生き物を中心とした展示 | 広島 | 
| 下関市立しものせき水族館 | 関門海峡の潮流を再現した水槽のほか、世界一の種類数を誇るフグの仲間の展示、国内最大級のペンギン展示施設「ペンギン村」、国内では珍しいイルカとアシカの共演ショーなど、特色豊かな展示 | 山口 | 
| 新屋島水族館 | 海の生物の展示、ふれあい、透明ボート乗船 | 香川 | 
| 四国水族館 | 四国の玄関口である香川県宇多津町に立地し、四国水景をテーマとして四国各地の多様な水景とそこに息づく生きものを展示。さらに、生きものの展示にとどまることなく、各地の自然や歴史・文化にも思いを馳せさせる文化施設を目指している。 | 香川 | 
| 日和佐うみがめ博物館カレッタ | カメの進化の過程や生態など、実際に泳ぐカメを見ながら学習 | 徳島 | 
| 足摺海洋館 | 竜串の海の生物を展示、ふれあい体験、環境学習 | 高知 | 
| マリンワールド海の中道 | 九州をテーマとした水の生物を展示する水族館。職員による講話やバックヤードツアーなども実施 | 福岡 | 
| 九十九島水族館 海きらら | 西海国立公園九十九島に生息している生きものの展示、真珠の玉出し体験 | 長崎 | 
| 長崎ペンギン水族館 | ペンギンの展示、えさやり、シーカヤック体験 | 長崎 | 
| わくわく海中水族館「シードーナツ」 | 海の生き物の展示、ふれあいやエサやりなどの体験 | 熊本 | 
| 大分マリーンパレス水族館「うみたまご」 | 海の生物の展示、ふれあい体験 | 大分 | 
| すみえファミリー水族館 | 魚の展示 全国的にも珍しいアカメの展示等。 | 宮崎 | 
| かごしま水族館 | ジンベエザメ等の鹿児島の海の生物にこだわり展示。イルカの生態や能力を紹介する「いるかの時間」は人気イベント | 鹿児島 | 
| 美ら海水族館 | 沖縄周辺の多種多様な生物種が生息する美しい海を、海岸から沖合、黒潮、さらに深海へと旅する形で展示 | 沖縄 |